Vào cuối thế kỷ XII và đầu XIII, dưới sự trị vì của Đức Giáo Hoàng Innocent III, giáo triều đã đạt tới đỉnh cao quyền lực và sự ảnh hưởng. Đức Giáo Hoàng nắm toàn bộ quyền lực trong thế giới Kitô giáo. Mọi Giáo hội đều nằm trong sự kiểm soát của ngài và ngài cũng sử dụng quyền hành trong việc quản trị, bổ nhiệm ứng viên làm Hoàng đế và khiến vua nước Anh phải tuân theo ý ngài. Thế nhưng điều này đã phải thay đổi với Đức Giáo Hoàng tiếp theo, Đức Innocent IV. Ngài đã phế truất Hoàng đế ở Công đồng Lyons và làm suy yếu toàn Đế chế. Ơn gọi đan tu giảm sút, các dòng tu trong Giáo hội bắt đầu suy tàn và nổi lên những bất đồng giữa các Hồng y trong việc bầu chọn Giáo Hoàng.
Thêm nữa, chủ nghĩa quốc gia vẫn tiếp tục gia tăng. Với sự xuống dốc của Đế chế Rôma Thần Thánh, nền quân chủ Tây Phương đã trỗi dậy bằng việc soạn thảo những luật lệ phong kiến sao cho có lợi cho họ. Cuối cùng, những nền quân chủ này cũng chống lại quyền lực Giáo Hoàng và xảy ra xung đột giữa hai bên. Điều này được tô đậm thêm khi Avignon, Pháp, được đặt làm trung tâm của Giáo hội thay thế cho Rôma. Giai đoạn này được gọi là Lưu Đày Babylon, được đặt tên theo sự kiện Kinh Thánh liên quan đến việc Israen bị người Ba Tư bắt đi lưu đày. Quyền lực trung tâm của Giáo hội phụ thuộc vào lòng thương xót của vua Pháp. Các Hồng y Pháp chiếm thế thượng phong trong những cuộc bầu chọn Giáo Hoàng và Lãnh địa Giáo Hoàng rơi vào tình trạng suy tàn. Trước khi Đức Giáo Hoàng quay trở lại Rôma, đã có một giai đoạn mà ba Giáo Hoàng đều tuyên bố là Giáo Hoàng thật. Thời kỳ này được biết đến như giai đoạn Đại Ly Khai Tây Phương (xem Câu hỏi 211). Sự ly khai làm giảm đi đáng kể quyền lực và sự ảnh hưởng của Giáo Hoàng. Lòng tin vào giáo triều tuột xuống những cấp độ mới. Tầng lớp quý tộc ở các nước khác đã lợi dụng điều này để giành lấy quyền lực, đất đai và tiền của từ Giáo hội.
Cuối cùng, cuộc Ly Khai Tây Phương chấm dứt và Đức Giáo Hoàng thật sự được bầu chọn. Khi giáo triều được đặt trở lại Rôma, cơ sở hạ tầng của Rôma đã bị tàn phá. Dự án xây dựng khổng lồ được đề ra với việc tái thiết lại Vương cung Thánh đường Thánh Phêrô và những công trình chính yếu khác trong Thành Đô Vĩnh Cửu. Dĩ nhiên, điều này đòi phải có tiền, cho nên các tín hữu khắp Châu Âu được kêu gọi đóng góp cho Rôma. Điều này không được đón nhận một cách nồng nhiệt, đặc biệt với giới quý tộc. Họ không muốn Rôma trở nên quyền lực như trước, bởi vì điều đó có nghĩa họ sẽ mất đi quyền hành.
Một vấn đề nghiêm trọng khác là sự thiếu hiểu biết của giới giáo sĩ. Bởi vì không có những bản văn chuẩn hóa hoặc những chủng viện để các linh mục học tập, nên họ thường là những người không được giáo dục. Họ hướng dẫn người khác cách sai lạc liên quan đến những học thuyết của Giáo hội. Nền thần học tồi tệ (mặc dù không phải là giáo huấn chính thức của Giáo hội) và giới giáo sĩ vô học là nguyên do dẫn đến biến cố Martin Luther và 95 Luận đề của ông.
