Các môn học trong chương trình cử nhân thần học bao gồm các lãnh vực thần học chính: Thần học thánh kinh, thần học hệ thống, lịch sử Giáo Hội, thần học luân lý, thần học thực hành và mục vụ, ngôn ngữ và các khoá chọn lọc, các khoá chuyên đề.

Thần học thánh kinh: Các môn học liên quan đến Thánh Kinh cung cấp kiến thức tổng quan về văn chương Cựu Ước và Tân Ước, kiến thức chuyên sâu về các sách và những chủ đề thần học quan trọng. Các khoá cổ ngữ (Hy Lạp, Latin, Do Thái) cũng được tổ chức để học viên có thể đọc và đào sâu bản văn thánh kinh.

Thần học hệ thống: Mục đích của việc học thần học hệ thống là cung cấp cho học viên một hiểu biết có phản tỉnh về các mầu nhiệm đức tin Kitô giáo, dưới ánh sáng của đức tin. Các khoá học trong lãnh vực này vừa giúp toát yếu kiến thức đức tin truyền thống, vừa giúp đối diện những vấn đề thần học đương thời. Thêm nữa, các môn học cũng tìm cách để chỉ ra mối tương hệ nội tại giữa các mầu nhiệm Kitô giáo, và với các tri thức khoa học nhân văn. Các khoá thuộc về thần học bí tích và phụng vụ thánh giúp học viên thấm nhuần ý nghĩa và vị trí của các bí tích trong đời sống Kitô hữu.

Thần học lịch sử: Lãnh vực này bao gồm tiến trình phát triển học thuyết quan trọng và những tranh luận về truyền thống Kitô giáo. Ngang qua việc nhấn mạnh bối cảnh lịch sử, các môn học giúp học viên ý thức về cả tầm quan trọng của những giáo thuyết chính yếu, lẫn những cách thế và bối cảnh khác nhau mà các học thuyết và các hệ thống thần học được định hình.

Thần học luân lý: Các khoá học thuộc lãnh vực này giúp học viên hiểu các quy tắc luân lý mà một người phải theo, cũng như hướng đến việc đào tạo nhân cách, viễn tượng cuộc sống, các giá trị cốt lõi và những xác tín căn bản. Những kiến thức ấy giúp con người thi hành điều thiện và đạt đến mục đích tối hậu trong ánh sáng lý trí và đức tin Kitô giáo.

Thần học thiêng liêng và mục vụ: Các môn học này giúp trang bị cho học viên trở thành những thợ gặt tương lai khi đối diện với những khía cạnh thực tế của đời sống Kitô hữu, các bí tích, phụng vụ, giáo luật, các lãnh vực đời sống trần thế như gia đình và xã hội. Ngoài ra, trong viễn tượng muốn đáp lại lời mời gọi truyền giáo tại Á Châu, chương trình cử nhân thần học tại Học Viện cũng bao gồm các môn học về truyền giáo và loan báo tin mừng.