Lịch sử Học Viện gắn bó với lịch sử Tỉnh Dòng Tên Việt Nam và thăng trầm theo dòng lịch sử đất nước. Sau hơn 150 năm vắng bóng, các tu sĩ Dòng Tên trở lại Việt Nam năm 1957. Vài năm sau, song song với việc quản trị và giảng dạy tại Giáo Hoàng Học Viện Thánh Piô X, các thừa sai Dòng Tên cũng dần dần thiết lập cộng đoàn Học Viện để duy trì việc huấn luyện trong Dòng, và Học Viện được đặt dưới sự bảo trợ của Thánh Giuse.
Trong thập niên 1960 và đầu 1970, Học Viện có trụ sở tại Đà Lạt. Các học viên Dòng Tên học triết học tại Đại Học Đà Lạt và thần học tại Giáo Hoàng Học Viện Pio X. Sau 1975, Học Viện được dời về Thủ Đức, Sài Gòn và việc học được tiếp tục bảo đảm trong khi cố gắng thích nghi với hoàn cảnh xã hội mới. Các sinh hoạt trí thức của Học Viện được giản lược tối thiểu trong những năm 1980. Từ sau 1996, việc huấn luyện và học tập tại Học Viện được khôi phục và cải thiện.
Năm 2006, Dòng Tên Việt Nam khởi công xây dựng lại cơ sở mới tại Thủ Đức, với khu vực cộng đoàn của các học viên, khu vực dành cho giáo sư, phòng học, thư viện, nhà nguyện cũng như hội trường. Cha Bề Trên Cả Peter-Hans Kolvenbach đã làm phép Học Viện khi ngài viếng thăm Tỉnh Dòng vào năm 2007. Chương trình triết học và thần học cũng được nâng cấp về đội ngũ và chương trình giảng dạy. Thư viện và cơ sở vật chất được đầu tư nhiều hơn, đáp ứng nhu cầu càng lớn về số học viên cũng như đòi hỏi học thuật trong Giáo Hội.
Ngày 23 tháng 2 năm 2018, Bộ Giáo Dục Công Giáo đã chấp thuận việc liên kết của Học Viện với Trường Thần Học Loyola (Loyola School of Theology), phân khoa thần học của Dòng Tên tại Manila, với quyền cấp bằng cử nhân thần học (STB). Chương trình triết học của Học Viện cũng được công nhận rộng rãi nơi các trung tâm đào tạo khác trong Giáo Hội Việt Nam và quốc tế.
Trong văn thư đề ngày 13/1/2023 gửi cha Bề Trên Cả Dòng Tên Arturo Sosa Abascal, SJ, Thánh Bộ Văn Hoá và Giáo Dục Toà Thánh đã chuẩn nhận Quy Chế Học Viện Dòng Tên, đồng thời thiết định Học Viện Thánh Giuse – Tỉnh Dòng Tên Việt Nam là một “Cơ Sở Giáo Dục Cấp Cao của Giáo Hội” (Ecclesiastical Higher Education Institution) với “tư cách pháp nhân công theo Giáo Luật” (canonical public juridic personality). Thánh Bộ cũng cho phép Học Viện Thánh Giuse tiếp tục liên kết đào tạo với Trường Thần học Loyola (thuộc Tỉnh Dòng Tên Philippines) trong vòng 5 năm để cấp bằng cử nhân thần học của Giáo Hội (STB).
Tọa lạc trong một khuôn viên rộng và thoáng đãng, bên cạnh văn phòng Giám Tỉnh, nhà hưu Tỉnh Dòng và giáo xứ Hiển Linh, Học Viện Thánh Giuse hiện tại bao gồm hai bộ phận: cộng đoàn và cơ sở giảng dạy, vốn được tu sửa vào năm 2020, với ban huấn luyện Dòng Tên, các giáo sư cơ hữu của Tỉnh Dòng và nhiều giáo sư thỉnh giảng trong và ngoài nước. Thư viện mang tên nhà sử học Dòng Tên Giuse Đỗ Quang Chính cũng được đưa vào hoạt động, phục vụ cho học viên của Học Viện cũng như bạn đọc bên ngoài. Học Viện hôm nay có hơn 120 học viên triết học và thần học gồm nhiều thành viên từ Tỉnh Dòng Tên Việt Nam, các Dòng tu khác và giáo dân.
Trong tương lai, Học Viện Thánh Giuse hy vọng sẽ có cơ sở mới tốt hơn để đáp ứng các chương trình đào tạo triết thần, nhắm đến nhiều nhu cầu khác nhau của dân Chúa và cộng đồng xã hội.