Giai đoạn 1967-1975

Năm 1957, các tu sĩ Dòng Tên trở lại Việt Nam. Miền Dòng Tên Việt-Thái thuộc tỉnh Dòng Viễn Đông được thành lập năm 1966. Từ niên khóa 1967-1968, các học viên của Miền Dòng Tên Việt Nam theo học tại Giáo Hoàng Học Viện thay vì đi học tại Baguio, Philippines. Nơi cư trú đầu tiên của các học viên là một biệt thự tọa lạc tại số 10 đường Huyền Trân Công Chúa, gần khu Du Sinh, Đà Lạt, do cha Cesbron-Lavau phụ trách. Biệt thự nằm dưới chân một đồi thông, tuy nhỏ bé nhưng tạm đủ cho các học viên của Dòng lúc đó gồm cả người Việt Nam và nước ngoài.

Sau năm 1968, Miền Dòng tìm được một ngôi nhà khác tại số 9 Cô Giang, rộng rãi và khang trang hơn. Ngôi nhà này được xây dựng từ năm 1939, từng là quân y viện cho Ngự lâm quân của cựu hoàng Bảo Đại, sau đó thuộc quyền sở hữu của ông bà Covassi người Ý. Tòa Giám Mục Đà Lạt đứng ra mua và trao lại cho Miền Dòng Tên quản lý sử dụng. Diện tích thực của khu đất chỉ vào khoảng 2000m2. Ngôi nhà được tu sửa gấp rút và xây thêm. Vào niên học 1969-1970 các học viên đã chuyển sang nhà mới với tên chính thức là Học Viện Thánh Giuse.

Cha Giuse de Diego được đặt làm viện trưởng Học Viện, cha Gioan Motte quản lý, cha Phaolo Deslierres linh hướng. Ngoài số học viên triết và thần học, Học viện còn đón nhận một số cha đến học tiếng Việt tại trung tâm Alliance do các anh em Tin Lành điều khiển tại đường Khe Sanh. Niên học sau, cha De Diego được đặt làm viện trưởng Giáo Hoàng Học Viện Piô X thay thế cha Giuse Raviolo. Cha Philipphê Gómez trở thành cha tân viện trưởng học viện. Lúc học viện đông đủ nhất có tới 14 thành viên. Phần lớn các học viên hai thế hệ đầu của Miền Dòng Việt Nam-Thái Lan đều trưởng thành từ đây. Trong thời gian này, các học viên Học Viện Thánh Giuse theo học chương trình triết tại Đại Học Đà Lạt và thần học tại Giáo Hoàng Học Viện Pio X.

Giai Đoạn 1975-1989

Tháng 8.1975, tất cả các cha giáo sư nước ngoài được mời về nước. Cha Nguyễn Ngọc Tiến trở thành người phụ trách cộng đoàn Học viện. Ngỡ ngàng trước những thay đổi đột ngột, tất cả mọi anh em ngồi lại nhận định và quyết tâm sống ơn gọi Giêsu hữu ở bất cứ hoàn cảnh nào. Cụ thể hơn, tất cả mọi thành viên cố gắng dành 50% thời gian cho lao động và 50% cho học tập. Nếp sống mới có nhiều vất vả nhưng không bao giờ thiếu niềm vui.

Ngày 11.08.1986 ngôi nhà học viện thánh Giuse tại số 9 đường Cô Giang được bàn giao cho Nhà Nước và trở thành Bệnh viện Y học cổ truyền tỉnh Lâm Đồng. Các anh em trong cộng đoàn học viện được cộng thể học viện Salésien Don Bosco Đà Lạt giang tay đón nhận và cho tạm trú tại số 4G Bùi Thị Xuân, thuộc phường 2 thành phố Đà Lạt. Năm 1989 chấm dứt giai đoạn Học Viện Giuse Đà Lạt nhưng thật ra trước đó các học viên trẻ đã dấn thân vào các sinh hoat khác nhau trong xã hội và không còn tập trung tại Đà Lạt nữa. Thủ Đức trở thành nơi huấn luyện mới cho anh em.

Giai đoạn 1989-1996

Cuối năm 1989, Dòng thấy cần tập trung các anh em đã dấn thân, để bổ sung việc học còn dang dở. Thầy Phạm hữu Lai được bổ nhiệm làm Thụ Ủy lo việc huấn luyện từ 1989-1992. Khi thầy nhận nhiệm vụ mới, cha Nguyễn công Đoan đã tiếp tục chức vụ này từ 22-4-1992 đến 13-6-1996, có thầy Phạm thanh Liêm làm phụ tá. Đến 1994, lớp bổ túc triết thần mới kết thúc.

Trong giai đoạn đặc biệt này, ban giảng huấn gồm các cha trong và ngoài Dòng. Về triết học có các cha Nguyễn Trung Kiên, Phạm Hữu Lai và Vũ Kim Chính.Về thần học và các môn khác có các cha Đỗ Quang Chính, Đinh Văn Trung, Ngô Văn Vững, Nguyễn Ngọc Tiến, Nguyễn Công Đoan, Felipe Gomez, Nguyễn Thế Minh, Khuất Duy Linh, Brendan Byrne cùng hai thầy Phạm Thanh Liêm và Nguyễn Cao Siêu. Ngoài ra, các cha giáo thuộc giáo phận Đà Lạt như cha Bùi Văn Đọc, cha Võ Đức Minh (cả hai vị đã làm Giám Mục), cha Trần Đình Quảng, cha Trần Công Dụ CM, cha Vũ Phan Long OFM, đã ưu ái dạy thần học trong thời gian anh em sống trên xứ Anh Đào.

Giai đoạn 1996- đến nay

Cha Rôcô Đinh Văn Trung thay cha Nguyễn Công Đoan làm bề trên Học Viện (1996-1999). Sau đó là cha Giuse Đỗ Quang Chính, vừa là bề trên Học Viện, vừa phụ trách các thần sinh (1999-2001). Cha Giuse Hoàng Văn Tình được giao phụ trách các triết sinh (1998-2000), tiếp theo là cha Giuse Lê Quang Chủng (2000-2001). Cha Tôma Vũ Quang Trung phụ trách Học viện từ 31-7-2001. Cha Antôn Nguyễn Cao Siêu làm viện trưởng từ 3-10-2004 cho đến nay. Trong thời gian này, các học viên triết tại Học Viện với các giáo sư cơ hữu của Miền Dòng cũng như các giáo sư thỉnh giảng từ nhiều nước. Các học viên thần học theo học tại lớp thần học Liên Dòng Nguyễn Văn Bình, cho tới năm học 2010-2011 thì bắt đầu có lớp tại Hoc Viện Thánh Giuse.

Sau thời gian cư trú trên cơ sở xây dựng từ năm 1996, vì số lượng anh em thụ huấn gia tăng cũng như nhiều nhu cầu khác, năm 2006, Học Viện khởi công xây dựng cơ sở mới. Hiện nay, chương trình chủ yếu của Học Viện Giuse là đào tạo học viên triết học, với ban giảng huấn trong nước và được tăng cường nhờ sự trợ giúp của các giáo sư nước ngoài. Tháng 7 năm 2007, Miền Dòng Tên Việt Nam được nâng thành Tỉnh Dòng với thánh hiệu Phanxico Xaviê. Kể từ niên học 2007-2008, Học Viện đón nhận một số tu sinh của một vài dòng tu khác tham gia chương trình. Hy vọng trong tương lai không xa, Học Viện không chỉ là một cơ sở đào tạo nội bộ của Tỉnh Dòng Tên Việt Nam mà còn trở thành trung tâm đào tạo chính thức, góp phần nâng cao việc huấn luyện trí thức cho các tu sĩ trẻ trong Giáo Hội Việt Nam.